由于小公司资源有限,项目选择对保持实施动力和确保获得最大收益至关重要。项目选择必须遵循六西格玛的精髓,即真正起作用的是事实,而不是个人意见,高层管理人员必须参与到项目选择的流程中来以确保与公司战略保持一直。财务部可参与进行成本的排列分析,这样可以帮助发现节约成本的机会,并在有限的资源配置下发掘优先发展的低成本项目。

一些最初被公司选定的项目过于庞大,以至于无法达到预期的效果。一部分原因是公司认为六西格玛的项目实施将会持续6-12个月,这一想法使得在同一时间里可以完成的很小项目无法进行,而多个小项目的总成果可能比单个大项目的成果更加显著。
附加实施的项目比最初开展的几个项目节约了更多的成本,因为经理们已经对实施流程逐渐熟悉起来并且对何时使用某种工具或全部工具更有咨询,这样,课堂所学被转化并应用于实践中。