六西格玛管理咨询肯定有局限。它并非改进流程的灵丹妙药，也不是解决所有商业难题的万能钥匙。我们现在知道：它是用特定的方法使企业增值的特定战略。
如果经营战略出现失误，单凭六西格玛并不能挽救组织于绝地。最早采用了六西格玛管理方法的几个公司业务都出现了逆转，例如柯达（Kodak)和宝丽莱（Polaroid)等，它们发现生产傻瓜相机的战略抵不住席卷潮流的数码相机革命。摩托罗拉一直致力于实施六西格玛，但也免不了出现问题。他们发现：世界上最好的模拟产品也卖不动啦。因为大家想用的是数字技术。
一、六西格玛“单枪匹马”不足以解决企业中的所有问题。它是帮助人们达到特定目标的特定方法。话虽如此，六西格玛工具还是可以应用到许多情况中，如：想法产生和决策工具其实可以应用到所有团队工作中。
二、六西格玛不可能瞬间改变公司文化——即使对六西格玛最“虔诚”的组织也需要5-10年来实现文化转变。
三、没有领导者的认可和参与、不断努力，以及源源不断的资金投入，六西格玛就不可能起作用。
虽然实施六西格玛有助于提高质量、降低成本，但如果不在整个组织内开展流程绩效管理，是无法实现经营绩效的大幅提升的。
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